医院设有门诊部、急诊医学部（急诊科、PICU、急诊病房）、新生儿内科、NICU、早产儿病房、肾内科、神经内科、消化内科、呼吸内科、感染科、风湿免疫科、血液一科、血液二科、内分泌遗传代谢科、普外科、日间手术病房、骨科、耳鼻咽喉科、神经外科、整形泌尿外科、新生儿外科、江西省小儿心脏病治疗中心（心内科、心胸外科、CICU、心超室、介入导管室）、麻醉科（手术室）、口腔科、眼科、中医科（中医皮肤科）、儿童保健科（心理行为科）、江西省小儿康复中心、检验科、放射科、功能检查科、病理科、输血科、药剂科、临床营养科、器械科、供应室等临床和医技科室。
一、国家临床重点建设专科：急诊医学部。
二、江西省医学领先学科：小儿普外科、重症监护科、神经内科、骨科、检验科(遗传)、呼吸内科、内分泌遗传代谢科、肾内科、小儿心脏病治疗中心。
三、江西省医学领先专业建设学科：血液科、新生儿外科。
四、江西省儿科防治技术中心：小儿康复中心。
一、优势病种：小儿IgA肾病、溶血尿毒综合征、肾性血尿、小儿遗尿症、系统性红斑狼疮、狼疮性肾炎、慢性肾脏病、小儿过敏性紫癜、紫癜性肾炎、儿童百日咳、儿童难治性肺炎、毛细支气管炎、肺不张、喉炎、慢性支气管炎、反复呼吸道感染、肺出血、支气管内膜结核、特发性肺含铁血黄素沉着症、肺泡蛋白沉积症、肺血管病、先天性畸形、先天发育异常、创伤、感染性疾病、肿瘤、神经肌肉疾患、脊柱畸形、抽搐、晕厥、头痛、发作性睡病、睡眠障碍、脑炎、脑膜炎、周围神经病变、小儿先天性心脏病、小儿心肌炎、心肌病、心律失常、语言或运动发育障碍、多动症、抽动症、遗尿症、矮小症、性早熟、肥胖、糖尿病、甲状腺疾病、性发育异常、软骨发育不良、粘多糖病、急性白血病、淋巴瘤、神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、生殖器肿瘤、横纹肌肉瘤、胸腔肿瘤、慢性再生障碍性贫血、免疫性血小板减少性紫癜，朗格罕细胞组织细胞增生症，噬血细胞综合征、缺铁性贫血、蚕豆病、先天性、特发性脊柱畸形、发育性髋关节发育不良、股骨头坏死、马蹄足、骨肿瘤、复杂的上肢、下肢及足踝畸形。
二、优势技术：小儿血管通路制作、血液透析、血液灌流、DNA免疫吸附、连续性血液净化、支气管哮喘的规范治疗、慢性咳嗽、闭塞性细支气管炎及间质性肺疾病的系统治疗、过敏性疾病的舌下含服及注射脱敏治疗、吸入性糖皮质激素基因检测、支气管舒张试验、支气管激发试验、气道阻力监测、过敏原检测、支气管肺泡灌洗的检测、呼吸道感染病原学检查、支气管镜下球囊扩张术、新生儿外科（包括极低、超低出生体重儿复杂疑难外科疾病）手术前后高难度技术支持、神经运动评估诊断超早期脑瘫、改良新生儿外周动静脉同步换血术、部分换血术治疗新生儿红细胞增多症等。
